Trong Tình trạng khẩn cấp Malaya lần thứ nhất (1948–1960), Đảng Cộng sản Malaya phát động một cuộc nổi dậy thất bại nhằm chống lại Liên hiệp bang Malaya. Sự kiện Liên hiệp bang Malaya độc lập vào ngày 31 tháng 8 năm 1957 loại bỏ động cơ chính của những người cộng sản. Tình trạng khẩn cấp Malaya lần thứ nhất bị bãi bỏ vào ngày 31 tháng 7 năm 1960. Trong thời gian yên tĩnh từ 1960 đến 1968, Đảng Cộng sản Malaya trải qua một giai đoạn hợp lý hóa, tái huấn luyện, và tái truyền bá tư tưởng cộng sản. Quân Giải phóng Dân tộc Malaya (MRLA) thiết lập một loạt căn cứ dọc theo biên giới Malaysia – Thái Lan. Mặc dù bị lực lượng Thịnh vượng chung làm cho suy yếu trong Tình trạng khẩn cấp Malaya lần thứ nhất, song Đảng Cộng sản Malaya sở hữu một lực lượng hạt nhân gồm từ 500–600 quân du kích được huấn luyện tốt và một lực lượng dự bị với 1.000 người, sẵn sàng phục vụ toàn thời gian khi cần thiết.[20] Đảng Cộng sản Malaya cũng tái tổ chức những đơn vị của mình và cũng tái kiến thiết thông qua việc đào tạo những tân binh du kích. Họ cũng phát triển các kỹ năng mới trong chiến tranh du kích sau khi quan sát Chiến tranh Việt Nam.[21][22]

Đảng Cộng sản Malaysia cũng nỗ lực tuyển mộ thêm nhiều người Mã Lai vào tổ chức của họ. Mặc dù có một số lượng nhỏ cán bộ người Mã Lai, trong đó có Abdullah CD và Rashid Maidin, song người Hoa vẫn chiếm ưu thế trong tổ chức. Một đơn vị Mã Lai đặc biệt mang tên Trung đoàn số 10 được thiết lập dưới quyền chỉ huy của một thành viên Ủy ban trung ương. Abdullah C.D. cũng thiết lập một số "trường cách mạng nhân dân" (Sekolah Revolusi Rakyat) nhằm phổ biến các tư tưởng Mao Trạch Đông trong cộng đồng người Mã Lai tại Thái Lan. Do Đảng Cộng sản Malaya đặt căn cứ tại miền nam Thái Lan, hầu hết các tân binh là người Mã Lai Thái Lan và người từ bang Kelantan.[12][23]

Nhằm tăng cường tính thu hút của Đảng Cộng sản Malaysia trong cộng đồng người Mã Lai, Đảng Huynh đệ Hồi giáo (Parti Persaudaraan Islam, PAPERI) được thiết lập với vai trò là tổ chức ngoại vi của Đảng Cộng sản Malaya. PAPERI chịu trách nhiệm phân phối những tờ rơi tuyên truyền rằng không có xung khắc giữa Hồi giáo và chủ nghĩa cộng sản.[12] Tháng 7 năm 1961, Trần Bình họp với Đặng Tiểu Bình tại Trung Quốc, Đặng Tiểu Bình đề xuất với Đảng Cộng sản Malaya rằng họ nên tiến hành một cuộc đấu tranh vũ trang lần thứ hai, nhấn mạnh rằng Malaysia đã chín muồi để tiến hành một cuộc cách mạng. Thành công của cộng sản trong Chiến tranh Việt Nam thúc đẩy Đảng Cộng sản Malaya phát động một cuộc nổi dậy khác tại Malaya. Đặng Tiểu bình sau đó hứa với Trần Bình rằng Trung Quốc sẽ trợ giúp Đảng Cộng sản Malaya và đóng góp 100.000 USD cho nổi dậy cộng sản lần thứ nhì tại Malaysia.[24][25]